تكون لدى الهيئة لجنة دائمة تسمى «لجنة التدقيق الداخلي »، تشكّل بقرار من المجلس وتتكون من ثلاثة أعضاء من بين أعضاء المجلس على ألا يكون من بينهم رئيس المجلس.
وتقوم اللجنة بتأمن وجود نظام فعال للرقابة المالية والمحاسبية وإدارة المخاطر لدى الهيئة، ومراجعة نظم الرقابة الداخلية الموضوعة من قبل الإدارة التنفيذية، ومراجعة أعمال التدقيق الداخلي والخارجي، على أن ترفع كل توصياتها أو قراراتها إلى المجلس.
وتكون للجنة التدقيق الداخلي الاختصاصات التالية:
1. دراسة أنظمة الرقابة الداخلية وتقدير مدى كفاءتها وكفايتها ورفع التوصيات اللازمة في هذا الشأن إلى المجلس.
2. مراجعة تقارير البيانات المالية المرحلية والسنوية وإبداء الرأي بشأنها قبل عرضها على المجلس.
3. تقديم الاقتراحات والتوصيات في كافة اللوائح المتعلقة بإدارة الشؤون المالية وقواعد المشتريات والمناقصات والعقود والمخازن وطلب إعداد التقارير اللازمة لذلك.
4. التوصية بتعيين وإنهاء خدمات مراقبي حسابات الهيئة وتحديد أتعابهم.
5. الموافقة على خطة التدقيق الداخلي السنوية.
6. تأمن التنسيق بن الإدارة التنفيذية ومراقب الحسابات ومكتب التدقيق الداخلي.
7. التحقق من استقلالية مراقبي حسابات الهيئة.
8. متابعة تقرير ملاحظات ديوان المحاسبة السنوي الخاص بعمليات الهيئة، ومتابعة الإجراءات المتبعة من قبل الإدارة التنفيذية.
9. المشاركة في بحث ودراسة أسباب الحوادث من سرقات أو اختلاسات أو حرائق، واقتراح النظم اللازمة لتلافيها ومتابعة تسوية ما قد ينجم عنها من أضرار مالية والرجوع على المتسبب بما يلزم لجبر هذه الأضرار. 
وتعد اللجنة لائحتها الداخلية وترفعها للمجلس لاعتمادها.