يتولى إدارة الهيئة مجلس يسمى مفوضي هيئة أسواق المال يتكون من خمسة مفوضين متفرغين يصدر بتسميتهم مرسوم بناء على ترشيح الوزير المختص. ويحدد المرسوم من بين الأعضاء رئيساً ونائباً للرئيس.